امام موسی صدر در تاریخ 25 آگوست سال 1978 به همراه شیخ محمد یعقوب و عباس بدر الدین برای یک دیدار رسمی وارد لیبی شد.
وی قبل از ترک لبنان اعلام کرده بود که برای برگزاری نشستی با معمر قذافی عازم لیبی می شود. رسانه های لیبی خبر ورود امام موسی صدر به لیبی و وقایع دیدارش در هتل "الشاطی" در طرابلس در غرب لیبی را هرگز پوشش ندادند.
در این کشور تماسهای امام موسی صدر با دنیای خارج از لیبی قطع شد که این موضوعی عجیب بود زیرا معمولا امام موسی صدر در سفرهایش با اعضای مجلس اعلای شیعیان لبنان و خانواده اش تماس تلفنی زیادی داشت.
آخرین اخبار از وی به همراه رفقایش در بعد ظهر روز 31 آگوست 1978 مخابره شد. مقامات لیبی اعلام کردند که امام موسی صدر به همراه رفقایش در این تاریخ(31 آگوست) خاک لیبی را ترک کرده اند.
چمدانهای امام موسی صدر به همراه رفقایش در هتل "هالیدی آن" رم یافت شد. دستگاه قضایی ایتالیا تحقیقاتی وسیعی در این باره به عمل آورد که نتایج تحقیقات در 12 آگوست 1979 مشخص ساخت که امام موسی صدر و رفقایش هرگز وارد خاک ایتالیا نشده اند.
لبنان تیمی امنیتی را به لیبی و ایتالیا فرستاد تا درباره موضوع تحقیق کنند. با مخالف رژیم قذافی این تیم نتوانستند به لیبی وارد شوند اما نتایج تحقیقات آنها در ایتالیا مشخص ساخت که امام موسی صدر و همراهانش هرگز به رم وارد نشده اند.
مجلس اعلای شیعیان لبنان در بیانیه های مختلف و به ویژه نشستهای مطبوعاتی معاون این مجلس در تاریخ 31 آگوست 1979 و دهم آوریل 1980 معمر قذافی را مسئول ناپدید شدن امام موسی صدر و رفقایش معرفی کرد.
عبدالمنعم الهونی از شرکای معمر قذافی در انقلاب موسوم به فاتح درباره امام موسی صدر می گوید: وی در دیدار سال 1978 کشته شد و در منطقه سبها در جنوب لیبی دفن شد.
روزنامه الاخبار لبنان اما در این باره در مطلبی با عنوان امام موسی صدر و رفقایش معمای با ابهام زیاد نوشته است: بیش از یکسال از سرنگونی رژیم معمر قذافی در لیبی می گذرد اما امام موسی صدر و رفقایش هنوز پیدا نشده اند.
این روزنامه می نویسد: خانواده این افراد ناپدید شده برخی به قضای و قدر الهی راضی شده اند و برخی دیگر دلایل مرگ وی را راضی کننده نمی دانند.
الاخبار می افزاید: روایات متعدد اما نتیجه یکی است امام موسی و رفقایش پیدا نشده اند. سرنوشت آنها همچنان در پرده ای از ابهام است.چیزی عوض نشده است، صدها قبر شکافته شده اند اما جسد امام موسی صدر یافت نشده است، هزاران زندانی آزاد شده اند اما اثری از سه ناپدید شده در میان آنها نیست، روایات مختلف است اما هیچ کدام نه جنازه کشف شده و لباس یافت شده دقیق نیست.
الاخبار می نویسد: چند هفته قبل اعلام شد که جنازه امام موسی صدر یافت شده است و جنازه برای آزمایش DNAبه سرایوو فرستاده شد اما نتیجه منفی بود.
کمیته ویژه پیگیری امام موسی صدر این موضوع با مشورت خانواده صدر اما به طور محرمانه دنبال کرد.
این روزنامه نوشته است: چندی پیش عبدالله السنوسی رئیس سرویس اطلاعاتی لیبی در موریتانی دستگیر شد. چند روز قبل از اینکه وی را به مقامات جدید لیبی تحویل دهند کمیته ویژه پیگیری به مدت پنج ساعت با وی ملاقات کرد.
منابع نزدیک به کمیته ضمن تکذیب آنچه در رسانه ها درباره مضمون این دیدار منتشر شده بود، اعلام کرد: السنوسی به وضوح سخنی نگفت و از خود و رهبرش حمایت کرد. السنوسی روایات مختلفی بیان کرد اما هرگز نگفت که امام کشته شده است.
این روزنامه می افزاید: در حالی که نزدیکان قذافی معمای امام موسی صدر و رفقایش را حل نکردند همه نگاهها هم اکنون به سوی سیف الاسلام قذافی فرزند دیکتاتور مقتول است.
منابع وابسته به خانواده امام موسی صدر ضمن ابراز ناخرسندی از بازجویی نکردن از وی مقامات لبنانی ولیبایی را مسئول می دانند.
این منابع بر این باورند که هر چند سیف الاسلام در زمان ناپدید شدن امام موسی صدر کودکی بیش نبوده است اما مسئول پیشنهاد غرامت مالی به خانواده های این ربوده شدگان در سال 2003 بوده است.
این روزنامه می افزاید: موضوع امام موسی صدر هم اکنون در کجاست؟ منابع نزدیک به خانواده صدر از شروع تحقیقات از تعدادی از افسران نزدیک به قذافی خبر می دهند به این امید که این افراد اطلاعاتی از سرنوشت سه ناپدید شده داشته باشند.
زاهر بدر الدین فرزند عباس بدر الدین به الاخبار می گوید: موضوع کاملا سیاسی شده است و گویا کشف حقیقت به نفع احدی نیست.
وی افزود: ما نمی توانیم بگوییم که آنها مُرده یا زنده هستند اما گذشت زمان دلیلی بری مرگشان است. موضوع وطنی بودن خود را از دست داده و به یک پروپاگاندا مبدل شده است.
علی یعقوب فرزند محمد یعقوب نیز می گوید: در حق ناپدید شدگان ظلم شده است. موضوع باید از شعار و حرف بیرون آید و اقدامی عملی انجام شود.
وی ضمن انتقاد از اهمال کاری در این باره می گوید:چرا باید کمیته تحقیق با وجود مدت زیادی که السنوسی در موریتانی حضور داشته است چند ساعت قبل از انتقالش به لیبی با وی ملاقات کند.
علی یعقوب می افزاید: شخصی مانند السنوسی که چهار دهه رئیس سرویس اطلاعاتی بوده در برابر کمیته سه نفره ای که به ساده ترین اصول اطلاعاتی ندارند به آسانی زبان باز نمی کند. با وجود درخواست خانواده افراد ناپدید شده برای تیمی مرکب کارشناسان و محققان و قضات برجسته مسئولان لبنانی بر تشکیل کمیته کوچک اصرار دارند و این معماها را بیشتر می کند.
الاخبار در ادامه نوشته است: منابع پیگیر امام موسی صدر با اشاره تلاش مقامات لیبی جدید برای بهبود وجهه این کشور نزد اکثریت شیعیه و سرمایه گذاری در مناطق شیعه نشین لبنان آن را تلاشی از جانب آنها برای محو موضوع می دانند.
این روزنامه می نویسد: چرا خانواده صدر همچنان بر زنده بودنش تاکید می کنند؟ آنها می گویند که روایت کشته شدن فوری برای ما قابل قبول نیست و ما شواهدی در دست داریم که وی زندانی است به ویژه که روایات قتل فوری سه ناپدید شده منتاقض، ناکافی و بدون ادله کافی است.
منابع نزدیک به خانواده این سه ناپدید شده به طور مثال روایت احمد رمضان منشی قذافی درباره قتل فوری این سه نفر به دست الشریف بن طه عامر وزیر لیبیایی را مطرح می کنند در حالی که وزیر مذکور در آوریل سال 1978 یعنی پنج ماه قبل از ناپدید شدن امام موسی صدر فوت کرده است.
منابع نزدیک به خانواده سه ناپدید شده با توجه به آزادی زندانیانی که دهها سال در زندانهای قذافی به سر برده اند و هم اینک آزاد شده اند از جمله احمد الزبیر السنوسی که 31 سال زندانی بوده است و نیز اظهار نظر وزیر دادگستری لیبی درباره مناطق خارج از کنترل دولت کنونی لیبی آن را به مثابه روزنه های امید می دانند.