شهر بغداد از دیر باز محل تردد امامان شیعه و محدثین و فقهای امامیه بوده است. آثار چندی از آنان در گوشه و کنار این شهر بر جای مانده است بر طبق گفته «دکتر ساعدی» مدیر کل زیارتگاه‌های شیعه در عراق در بخش کهن بغداد (به استثنای کاظمین که شهری در حومه بغداد است) نوزده زیارتگاه شیعه قرار دارد. مراقد نواب اربعه و قبر شیخ کلینی و مرقد اسماعیل بن موسی بن جعفر و مسجد براثا و زندان حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام). و آرامگاه قنبر علی و مرقد سید ادریس از نوادگان حضرت کاظم(علیه السلام) جز این‌ها قرار دارد.
در دوره‌های گذشته بر اثر سنیان متعصب برخی از این زیارتگاه‌ها به تصرف آنان درآمده بود که در سال‌های پس از سقوط صدام و به همت شیخ سامی مسعودی معاون وقف شیعه عراق مراکز یاد شده به حوزه اداره وقف شیعه باز گردانیده شد.
در غرب شهر بغداد عباسی مهم‌ترین اثر باقیمانده از دوره پایانی خلافت عباسی مدرسه المستنصریه می‌باشد که توسط المستنصر بالله عباسی در سال ۶٣١ هجری ساخته شد که تاکنون پابرجا می‌باشد پیرامون این جایگاه تاریخی مهم چندین زیارتگاه شیعی برقرار است. در غرب مدرسه مسجدی به نام جامع الاصفی قرار دارد که نام اصلی آن جامع الصفوی یا مسجد صفوی می‌باشد که عثمانیان آن‌را به اصفیه تغییر دادند. در بخشی از این مسجد محدث جلیل القدر شیخ محمد بن یعقوب کلینی رازی نویسنده کتاب شدیف کافی متوفای ٣٢٩ هجری مدفون استدر مشرق مدرسه مذکور قبر اسماعیل بن موسی بن جعفر(علیه السلام) است که او هم در جوار مسجدی کهن از دوره ایلخانیان قرار دارد.
در شمال مدرسه یاد شده و در برابر سر درب تاریخی آن قبر علی بن محمد سمری متوفای ٣٢٩ هجری نایب و وکیل چهارم امام زمان(عجل الله تعالی فرجه) در دوره غیبت صغری قرار داردپیش‌تر بقعه دارای صحن و سرایی بود لیکن در سال ١٩٧٠ میلادی تمامی زمین‌های این بقعه به بهانه توسعه بازار کفاش‌ها مصادره گردید و مرقد مرحوم سمری در اتاقی ۴ در ٢ متر محصور گردیداخیرا به شیخ سامی المسعودی معاون وقف عراق تمامی این بقعه و پیرامون آن که به انبار و قهوه خانه تغییر یافته بود باز پس گرفته شد و روند باز سازی آن در جریان است.
روز شنبه یکم محرم الحرام ١۴٣۶ هجری که برای شرکت در کنگره جهانی غدیر به نجف اشرف مشرف شده بودیم با دعوت رئیس مزارات و نیز معاون وقف شیعه عراق به بغداد رفته و طی مراسمی که با حضور جمعی از مسوولین دولت عراق و شخصیت‌های مذهبی و اجتماعی پایان بازسازی مرقد شیخ کلینی و پرده برداری از ضریح نقره‌ای زیبای آن که توسط هنرمندان اصفهانی ساخته شده بود صورت پذیرفت.
در فاصله کوتاهی از بقعه شیخ کلینی و در زاویه شمال غربی مدرسه مستنصریه خانه سندی بن شاهک زندان‌بان حضرت امام موسی کاظم(علیه السلام) و زندان تاریکی که سالیان دراز آن حضرت در آن زندانی بودند قرار دارد که مقدمات آماده سازی آن برای زیارت علاقمندان در حال انجام است.
بر طبق گفته کهنسالان و ساکنین منطقه در حدود یک قرن گذشته این بخش مسدود بوده و از ورود افراد به آن جلوگیری به عمل می‌آوردند این زندان در فاصله اندکی از جسر الشهداء که سمت مشرق بغداد (محله رصافه) به محله‌های غرب بغداد و محله کرخ و توابع آن وصل می‌کند قرار دارداین پل در جای همان پلی بوجود آمده است که پیکر مبارک حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام) پس از آن بر روی آن قرار داده شد.