به گزارش «شیعه نیوز»، مسجد خضراء یا جامع الخضراء(مسجد سبز)، یکی از مساجد قدیمی شهر نجف اشرف است که در سمت شرق صحن مطهر حضرت علی(ع) واقع شده است.
علت نامگذاری این مسجد معلوم نیست، اما در منابع تاریخی درباره وجه تسمیه این مسجد 4 احتمال وجود دارد و احتمال اول اين است که چون مسجد بعد از بناى عمارت حرم مطهر ساخته شده، مسجد (الحضرة) (حضرت) نام گرفته است، اما بعدها اين نام نزد مردم تغيير كرده و مسجد خضرة (الخضراء) نام گرفت. احتمال دوم آن است که چون در فضاى آن سبزى كشت شده بود، مسجد خضرة (سبزى) نام گرفت. در جاى دیگر ذكر شده كه درويشى هندى گياهان سبزى را در حياط مسجد كاشت و از آن هنگام به اين نام مشهور شد. برخی نیز احتمال داده اند وجود رنگ سبز در بخشی از این مسجد سبب این نام گذاری شده است.
احتمال چهارم این است که مسجد را الخضراء، «خواهر عمران بن شاهین» بنا کرده و به این نام معروف شده است.
مسجد خضراء به مساحت ۱۶۶متر مربع در ضلع شرقی صحن مطهرعلوی واقع شده و در قرن هفتم هجری بنا شده است که محراب آن با کتیبه های قرآنی و نقش‌های اسلیمی تزیین شده است.
این مسجد محل تدریس «آیت‌الله سیدابوالقاسم خوئی» بوده است و هم‌اکنون، دیوار حائل میان مقبره ایشان (حجره ٣١) و مسجد را برداشته و آن را با پنجره‌ای مشبک پوشش داده اند.
اين مسجد دارای 2 در است. در داخلى كه به صحن مطهر راه دارد در ايوان سوم سمت شرقی، جنب آرامگاه آيت‌الله خوئى قرار دارد. اين در، يک راهروى كوچك به آرامگاه آيت‌الله خوئى و از طرف دیگر به مسجد راه دارد. در دوم ضمن ديوار خارجى قرار دارد. بعد از در ورودى، حياتى به مساحت (187مترمربع) قراردارد كه شامل وضو خانه و كفشدارى بوده و در بالاى آن طبقه دوم قرار دارد. سقف حياط به شكل مثلث بوده و از شيشه و چهارچوب‌هاى آهنى ساخته شده است.
آیت الله خوئی در این مسجد تدریس می کرده و بعد از وفاتش در این مسجد به خاک سپرده شد
در سال 1368 هجری رژیم بعثی اقدام به توسعه خیابان های اطراف حرم علوی کرد و به همین خاطر یک سوم مسجد خضراء را تخریب کرد و در سال 1385 هجری آیت الله خوئی دستور بازسازی آن را صادر کرد و این کار با نظارت «احمد انصاری قمی» و با کمک افراد نیکوکار انجام شد.
پس از آن، آیت الله خوئی امامت این مسجد را بر عهده گرفت و کلاس های درس خود را در آن برپا می کرد. در اين مسجد صدها مجتهد دروس فقهى خود را نزد آيت الله خوئى گذراندند ودر بسيارى از نقاط جهان منتشر شدند. مراجع تقليد نجف اشرف و بعضى از مراجع تقليد قم نيز در اين مسجد به تحصيل علم پرداختند.
بعد از وخامت حال آیت الله خوئی، دامادش «نصرالله» کار تدریس را برعهده گرفت تا اینکه اداره اوقاف وابسته به رژیم بعثی به بهانه مرمت مسجد این مکان را بست و بعد از سقوط صدام این مسجد به دستور«آیت الله علی سیستانی»، مرجع عالیقدر شیعیان تعمیر شد.