هدف از تمام این اقدامات تخریب تدریجی مسجد الاقصی بود تا به جای آن صهیونیستها دوباره معبد یهود موسوم به «هیکل سلیمان» را به جای آن بنا کنند، به همین دلیل باید حادثه به آتش کشیدن مسجد الاقصی را در این راستا و با هدف ویران کردن این بنا ملاحظه کرد.
در ماجرای آتشسوزی مسجد الاقصی دستکم 200 متر مربع از سقف مسجد به طور کامل ویران شد، گنبد مجسد در 5 نقطه آن سوخت و یکی از آثار مسجد همراه با یک منبر قدیمی با ارزش که هشتصد سال سابقه داشت، طعمه حریق شده و از بین رفت.
این جنایت که خشم مسلمانان جهان را به دنبال داشت، موجب شد تا بسیاری از رسانههای کشورهای اسلامی از ضرورت واکنش در برابر اقدامات تجاوزکارانه صهیونیستها سخن بگویند، چون این بزرگترین جنایت صهیونیستها علیه مسجد الاقصی طی 10 ماهی بود که از تصرف بیت المقدس شرقی توسط آنان میگذشت.
شهر بیت المقدس در سالهای اولیه بعد از رحلت پیامبر اسلام (ص) از سلطه رومیها خارج و به تصرف مسلمانان درآمد. در سال 74 هـ در همان مکانی که پیامبر اسلام به معراج رفتند، مسجد الاقصی بنا گردید.
این مسجد با شکوه، تکامل یافته همان مسجد کوچکی بود که پیشتر نیز در این مکان وجود داشت. سابقه تاریخی و حرمتی که از دیر باز این مکان مقدس داشته و دارد، سبب شد اقدام صهیونیستها در آتش زدن مسجد الاقصی به صورت یک فاجعه دینی جلوه کند و واکنش خشمگین همه مسلمانان جهان و جامعه بین المللی را به دنبال داشته باشد.
به دنبال این حادثه کشورهای اسلامی گردهم آمدند تا سازمانی تحت عنوان «سازمان کنفرانس اسلامی» را تاسیس کند و به این ترتیب آتشسوزی در مسجد الاقصی یکی از دلایل شکلگیری سازمان کنفرانس اسلامی در مهر 1348 بود.
این سازمان یک ماه پس از این حادثه، طی اجلاسی با شرکت سران کشورهای اسلامی در «رباط»، پایتخت مغرب اعلام موجودیت کرد.