«محمدرضا رحیمی» معاون اول احمدی‌نژاد در «قم» با اعلام کمک مالی «دولت» به «حوزه»، جبهه ضددولتی حوزویان را مستحکم‌تر کرد.
او در اجلاس «نماز» گفت: « برای اولین بار در دولت نهم جهت طلاب حوزه علمیه همانند دانشجویان ردیف بودجه درنظر گرفته شد. » رحیمی آرزویی را تکرار کرد که رئیس‌اش سال‌ها پیش آن را عیان کرده بود.
«محمود احمدی‌نژاد» در سال‌های آغازین ریاستش، در واکنش به اولین گلایه‌های علما برابر اقدامات‌اش؛ به جای رفع آن، حوزه را به دریافت کمک‌های دولتی ترغیب کرد: « دولت و خزانه عمومي نمي‌تواند خود را از مسووليت ترويج فرهنگ اسلامي دور نگه دارد...» او در جمع طلبه‌ها و روحانيون استان فارس در 29 فروردين 86 به صراحت مبحث كمك اقتصادي دولت به مراكز ديني را تشريح كرد و به انتقاد از مخالفان اين كمك‌ها پرداخت: «از اوايل انقلاب برخي از انديشه‌هاي انحرافي آگاهانه و از روي برنامه‌ريزي مطرح شد كه يكي از آنها اين بود كه دولت نبايد به مراكز ديني كمك كند، چرا كه اين مراكز دولتي مي‌شوند، ولي به نظر من اين حرف غلطي است. مگر مي‌شود دولت اسلامي خود را از حوزه دين بيرون بكشد؟ قبلاً جايي در بودجه براي مسائل ديني و مراكز آن ديده نشده بود، اما از سال گذشته اين مساله در بودجه در نظر گرفته و به استانداري‌ها ابلاغ شد. » از این رو بود که «ناصرالدین سقای بی‌ریا»، مشاورش در امور روحانیت همچون او، به دنبال آن بود تا منشوری تحت عنوان «تعامل دولت و حوزه» به سرانجام برساند؛ چرا که به قول او: « تقويت فعاليت‌هاي مركز خدمات حوزه و افزايش بودجه آن و حمايت از تامين مسكن طلاب از اهم برنامه‌هاي دولت خدمتگزار در جهت جهش فرهنگي و علمي طلاب بوده است. » اما این منشور هم با توجه به مخالفت علمای قم در میانه راه باز ایستاد و اجرایی نشد.
با توجه به این پیشینه، بار دیگر معاون اول رئیس دولت، سخنانی را بر زبان راند که در حوزه جزو «گفتار ممنوعه» است. به همین دلیل است که آیت‌الله «مرتضی مقتدایی »، رئیس حوزه علمیه قم که در موضع‌گیری برابر دولت کنونی احتیاط فراوانی می‌کند و کمتر مقابل آن می‌ایستد؛ بلافاصله واکنش نشان داد و به صراحت این سخنان را تکذیب کرد و با اعتماد به نفسی مثال‌زدنی اعلام کرد: « حوزه مستقل است و روی پای خود ایستاده... » یا حجت‌الاسلام «محسن قرائتی» که در میان منتقدان حوزوی احمدی‌نژاد قرار ندارد، این بار بی‌درنگ منکر اظهارات رحیمی شد و آن را رد کرد؛ چرا که این دو می‌دانند، این ادعا «دشنامی» به حوزه است و بزرگان آن.
داستان تاریخی واکنش امام خمینی به کمک حکومت به حوزه، موقعیت این مسئله را در این نهاد نشان می‌دهد. او در 13 خرداد 66 در پاسخ به نامه «حاج احمدآقا خميني» تاكيد كرده بود كه «من با تشريفات مخالفم و براي حوزه علميه مضر مي‌دانم. اساس اسلام و تحصيل است كه با اين نحوه زياده‌روي‌ها منافي است.»
داستان این موضع‌گیری در نامه « حاج احمد آقا » روشن‌تر دیده می‌شود که امام اینگونه واکنش نشان می‌دهد. روز قبل او به پدرش، پیرو دیدار برخی اعضای شوراي مديريت حوزه علميه قم و تقاضای کمک مالی آنان مینویسد: "پدر و مراد بزرگوار. پس از سلام، زماني كه شوراي مديريت حوزه علميه قم خدمت حضرتعالي رسيده بودند تقاضاي كمك براي پيشبرد امور مربوط به حوزه را كرده بودند، حضرتعالي فرموده بوديد: مساله را به احمد بگوييد تا او دنبال كند. قرار بر اين شد كه شورا در نامه‌اي به حضرتعالي مقدار احتياجاتشان را بنويسند، آنان پس از بررسي، نامه‌اي براي حضرتعالي نوشتند... كه در صورت عدم پرداخت پول از طرف شخص جنابعالي از بنياد مستضعفان به آنها كمك گردد. نامه مذكور خدمت‌تان تقديم شد. حضرتعالي فرموديد: «چنين كاري را انجام نمي‌دهيد و از طرف شماها به بنياد چيزي گفته نشود. هرچه پول و ساختمان زياد گردد درس و معنويت كم مي‌شود.» و چند بار ديگر هم تقاضاي برادرانمان را عنوان نمودم. باز فرموديد: «من خيال مي‌كردم آقايان 50 هزار تومان احتياج دارند.» خدمت‌تان عرض كردم: «اگر چنين بود خودشان مي‌پرداختند...» براي آقايان شورا مساله حل نشده است و عقيده‌شان اين است كه «تو (احمد) نخواسته‌اي نظر مبارك حضرت امام را كه با اين مساله موافق بوده است به مسوولان حوزه ابلاغ كني و يا شما ياد امام نياورده‌اي كه حضرت امام در اين قضيه پول مورد احتياج شورا را بپردازند... »"
آیت‌الله « فاضل لنکرانی» نیز دیدگاه امام را فراتر از این می‌دانست و کمک از موقوفات به حوزه را بر اساس نظر امام رد کرده بود. آیت‌الله محمدجواد فاضل لنکرانی اینگونه واکنش ایشان را در گفت‌وگویی در روزنامه جمهوری اسلامی روایت کرده است: «در جلسه‌اي كه مقام معظم رهبري و ايشان داشتند و من حضور داشتم، بحث تقويت بنيه مالي حوزه‌هاي مطرح شد و ايشان همين مطالب را گفتند و اضافه كردند حضرت امام اجازه نمي‌دادند موقوفات براي حوزه‌هاي مصرف شود. حوزه‌ها فقط باید با وجوهات شرعيه‌اي كه مومنين با جلب‌خاطر و خلوص نيت مي‌پردازند، اداره شود و راهي غير از اين راه مشروع نيست.» او درباره کمک دولت به حوزه‌ها هم خاطره‌ای دیگر را به یاد دارد: « (آن سال‌ها) يكي از مسوولان و شخصيت‌هاي بزرگ نظام در مصاحبه‌اي كه با مجله‌اي حوزوي داشت، گفت: ايرادي ندارد كه حوزه‌ها از بودجه دولتي استفاده كنند تا بهتر اداره شوند. وقتي ايشان (آیت‌الله فاضل لنکرانی) از مطالب باخبر شدند، بنده را نزد آن مسوول محترم كه با نيت خير آن مطالب را گفته بود، فرستاد كه اين راه پيشنهادي شما براي آينده حوزه‌ها خطرناك است و در نهايت به حوزه‌ها لطمه مي‌زند و به هيچ‌وجه صلاح نيست، بودجه دولت در حوزه‌ها مصرف شود. بايد فرهنگ‌سازي شود تا مومنين با آگاهي و اخلاص ديون شرعيه خودشان را بپردازند تا امور دين بهتر اداره شود... »
پیش از این نیز آیت‌الله لطف‌الله صافی‌گلپایگانی در کتابش با نام «سیر حوزه‌های علمی شیعه» که در سال 74 توسط انتشارات «جامعه مدرسین» تجدید چاپ شد، نوشت: «حوزه‌هاي علميه شيعه داراي استقلال مالي و اقتصادي مي‌باشند و از حكومت‌ها و دولت‌ها چيزي و كمكي دريافت نمي‌كنند و در هر كشوري كه باشند تحت نفوذ مالي و اقتصادي دولت آن كشور قرار نمي‌گيرند و از دريافت كمك‌هاي دولتي ابا دارند و فقط خود را به حضرت ولي‌عصر (ارواح العالمين له الفدا) و عنايات و الطاف ايشان وابسته مي‌دانند و وظايف شرعي خود را با كمال استقلال انجام مي‌دهند و لذا ناچار نيستند براي دريافت پول و حقوق، سياست اسلامي و روش علمي، تبليغي و ارشادي خود را با سياست حكومت‌ها وفق دهند و وظايف خود را زير پا بگذارند يا نصوص و برنامه‌هاي دين را به نفع استضعاف و استعمار تفسير نمايند. »
آنچه امروز در قم بیان شد و معاون اول احمدی‌نژاد سراینده آن بود؛ همان رویایی است که رئیسش از ابتدا به دنبال آن بود و همچنان دنبال می‌کند. محمود احمدی‌نژاد « مخالفت با کمک مالی دولت به حوزه » را « اندیشه انحرافی» می‌داند و دوست دارد که به‌جای تمکین برابر خواسته‌های کلان بزرگان این نهاد، بگوید: « دولت و خزانه عمومي نمي‌تواند خود را از مسووليت ترويج فرهنگ اسلامي دور نگه دارد. »
