وی دوره کتاب‌های اصولی همچون "اصول" المظفر، "رسائل" شیخ انصاری و "کفایة" آخوند خراسانی را گذرانده و در علم فقه نیز "مکاسب" شیخ انصاری، "اللمعة الدمشقیه" نوشته شهید اول، "جامع المدارک" خوانساری و "مستمسک العروة الوثقى" سید حکیم و دیگر کتاب‌های فقهی را مطالعه کرد.او پس از 10 سال تحصیل در حوزه علمیه حضرت قائم( عجل الله تعالی فرجه)، به سوریه سفر کرده در حوزه علمیه حضرت زینب(سلام الله علیها) به ادامه تحصیل علوم دینی و حوزوی پرداخت.
شیخ نمر همچنین سال‌ها اداره حوزه علمیه حضرت قائم( عجل الله تعالی فرجه) در تهران و سوریه را به‌عهده داشت؛ وی در حوزه‌های علمیه ایران و سوریه به تدریس کتاب‌هایی همچون کتاب "اللمعة الدمشقیة"، "جامع المدارک"، "مستمسک عروة الوثقى" و "الحلقات" شهید سید محمدباقر صدر پرداخت.
آیت‌الله شیخ نمر النمر مرد جنجال برانگیز استان الشرقیه عربستان همواره با اشاره به فساد حاکمان کشورهای حاشیه خلیج فارس خواستار مبارزه با فاسدین و ظالمان شده است، وی همچنین خواستار مبارزه با خاندان حاکم در عربستان و بحرین شد.وی به ارث بردن تاج و تخت در میان حاکمان کشورهای عربی را غیرشرعی خوانده و مشروعیت دست به دست شدن پادشاهی در عربستان را زیر سؤال برده بود، او همچنین آل‌سعود و آل‌خلیفه را پیروی انگلیس دانسته بود.
طی سال‌های گذشته شیخ نمر به‌دلیل به چالش طلبیدن نظام حاکم در عربستان و صراحت در مطرح کردن مطالب و انتقادات خود و همچنین توصیف کردن آل‌سعود به فساد، کفر، ظلم و موارد دیگر همواره منبع اصلی نگرانی‌های آل‌سعود بوده است.شیخ نمر برای اولین بار در سال 2006 در بازگشت از بحرین و به‌دلیل مشارکت در همایش بین‌المللی قرآن کریم از سوی نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد.
مقامات عربستانی اعلام کرده بودند که النمر از حکومت عربستان خواسته است که به وضعیت "قبرستان بقیع" رسیدگی کرده، مذهب "تشیع" را به رسمیت شناخته و شیوه‌های آموزش و تدریس کنونی را تغییر داده یا لغو کند.شیخ نمر النمر برای دومین بار در تاریخ 23 آگوست 2008 میلادی در شهر "القطیف" به‌اتهام تحریک شیعیان عربستانی برای جدایی از حکومت مرکزی به دست نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد.
نهم جولای سال 2012 میلادی بود که «شیخ نمر آل‌نمر»، روحانی برجسته شیعی پس از تعقیب و حمله مسلحانه نیروهای امنیتی رژیم سعودی به خودرویی که در آن قرار داشت و او را از به منزلش می‌برد، مورد بازداشت قرار دادبه‌دنبال این حمله خودروی شیخ نمر به دیوار یکی از منازل برخورد می‌کند و خود شیخ نیز از ناحیه ران پا زخمی می‌شود تا پس از آن نیروهای امنیتی سعودی وی را بار دیگر بازداشت و او را در بیمارستان نیروهای امنیتی ریاض بستری کنند.
پس از دستگیری شیخ نمر اعتراضات مردمی زیادی در مناطق شرق عربستان انجام شد. شیعیان بلافاصله به خیابان‌ها ریختند و نیروهای امنیتی رژیم سعودی به‌شدت آنها را سرکوب کردند، به‌گونه‌ای که تنها در روز اول بازداشت سه نفر از معترضان کشته شدندبا این حال اعتراض گروه‌های مختلف مخالف حکومت ادامه پیدا کرد و آنها به رژیم سعودی نسبت به هرگونه آزار و اذیت شیخ نمر هشدار دادند.یک گروه هکر به‌نام «مجاهدون الاحرار» پایگاه‌های اینترنتی پلیس منطقه «الشرقیه»، دادستانی «الباحه» و شورای شهر در استان «الدقیق» عربستان را در اعتراض به بازداشت و احتمال حکم اعدام شیخ نمر هک کردند.
این روحانی شیعه سرشناس عربستانی ازسوی رژیم سعودی به اتهاماتی از قبیل «فتنه انگیزی» و «دعوت به برهم زدن وحدت ملی» متهم است، به همین دلیل دادگاه ویژه کیفری ریاض در 26 مارس سال جاری میلادی رسیدگی به پرونده وی را آغاز کرد درحالی که وی امکان ایستادن روی پا را نداشت و با صندلی چرخدار در دادگاه حاضر شده بوددادستان سعودی در همان اولین جلسه محاکمه این روحانی شیعه خواستار اجرای اشد مجازات یعنی «اقامه حد محاربه» یا «قتل تعزیری» علیه وی شد. به‌گفته فعالان سیاسی، اتهامات سیاسی زیادی در پرونده شیخ النمر دیده می‌شود.
این فعالان سیاسی می‌گویند، شیخ نمر همچنین با اتهاماتی نظیر «تحریک برای تخریب اموال دولتی»، «دخالت در امور بحرین» و «تحریک به ارتکاب جرایم تروریستی در این کشور» مواجه است. در حالی‌که فعالان محلی و خانواده این روحانی سرشناس شیعه عربستانی می‌گویند، شیخ نمر تنها از تظاهرات مسالمت آمیز حمایت کرده و خود را از هرگونه مخالفت شدید با حکومت دور نگه داشته است.
پس از آن اخباری در برخی از منابع خبری سعودی منتشر شد، مبنی بر اینکه دستگاه قضایی عربستان این روحانی شیعه را به محاربه متهم کرده و دادستانی این کشور برای وی تقاضای حکم اعدام کرده که با اعتراض‌های شدید مردمی در منطقه الشرقیه مواجه شد.از آن رو که مقامات قضایی عربستان امروز حکم شیخ نمر النمر را اعلام خواهند کرد و دادستانی این کشور بر درخواست حکم اعدام برای این روحانی مبارز شیعه اصرار دارد تعداد بسیار زیادی از شخصیت‌های سیاسی و گروه‌های حقوق بشری مختلف واکنش نشان داده و نسبت به صدور حکم اعداد برای شیخ نمر النمر هشدار دادند.
در همین راستا منابع نزدیک به آیت الله سیستانی از مراجع بزرگ عراق اعلام کردند که آیت الله سیستانی با ارسال نامه‌ای به فؤاد معصوم رئیس جمهور عراق از وی خواسته است تا برای جلوگیری کردن از اعدام شیخ نمر النمر از طریق مقامات عربستانی وارد عمل شود.همچنین این منابع طی گفتگو با روزنامه اماراتی "ارم" بدون ذکر جزئیات، تاکید کرده‌اند که این نامه در لابلای خود هشدار بزرگی برای عربستان دارد.این منابع توضیح دادند که فؤاد معصوم به نامه آیت الله سیستانی پاسخ داده و تاکید کرده است که در این خصوص با مقامات سعودی در ارتباط خواهد بود.
مردم شهر العوامیه نیز برای اعلام همبستگی خود با آیت الله نمر و اعتراض خود به بازداشت و اتهامات واهی وارده به وی در میدان الکرامه این شهر تجمع کردند.آنها همچنین تصاویر این روحانی بارز را در دست داشتند و پلاکارهایی را برای تاکید بر همبستگی با وی با خود حمل می کردند.در این تجمع که با وجود تدابیر امنیتی رژیم سعودی در منطقه العوامیه برگزار شد، زنان و کودکان شهر العوامیه نیز شرکت داشتند.