«شیعه نیوز»: هنگامی كه امام علی(علیه السلام) به شهادت رسید، براساس وصیت، فرزندانش ایشان را شبانه به خاک سپردند و چند نقطه دیگر را برای دفن آن حضرت مهیا كردند تا مكان قبر مخفی بماند و خوارج و یاران معاویه امكان جسارت به مرقد و قبر مطهر را نیابند.
از مكان قبر آن امام همام تنها فرزندان، نواده‌ها و یاران خاص ایشان باخبر بودند. تا این كه امام صادق(علیه السلام)، در زمان منصور عباسی، به سال 135 ق برای نخستین بار مكان قبر را نمایان كرد.
امام صادق(علیه السلام) فرمود: امام حسن(علیه السلام) ایشان را در اطراف كوفه و نزدیک نجف، جایی كه از سمت چپ به "الغری" و از سمت راست به "حیره" محدود می‌شد، بین "ذكوات" و "بیض" به خاک سپردند. امام صادق(علیه السلام) ضمن بیان این موقعیت، اشاره می كند كه سیل این قبر را ویران كرده است.
برخی از مورخان از این مكان با عنوان «پشت كوفه» یاد كرده‌اند و گفته اند: مزار امام علی(علیه السلام) در پشت كوفه قرار دارد؛ یعنی همان جایی كه اكنون زیارت گاه اوست.
برخی نیز از این مكان با عنوان «نجف» یا «نزدیک نجف» یاد كرده‌اند. یاقوت حموی می‌گوید: نجف در نزدیكی قبر امیر المؤمنین علی(علیه السلام) قرار گرفته است.
بدیهی است شهر نجف با توسعه‌ای كه یافت، مزار مطهر را در درون خود جای داد. درهرحال، مكان قبر امیرالمومنین(علیه السلام)، یعنی جایی كه اكنون زیارت گاه اوست و به نام‌های مختلف در متون تاریخی یاد شده، مكان حقیقی و مسلّم دفن آن امام همام است.
نخستین بقعه و بنایی كه برفراز قبر امام علی(علیه السلام) استوار شد در دوران خلافت هارون الرشید به سال 165 هجری بود. او، كه به زیارت مرقد آن امام مشرف شد و معجزه‌هایی از این مكان دید، 11 ضریحی از سنگ سفید برای قبر ساخت و بنایی از آجر سفید و گنبدی از گل سرخ بر فراز آن استوار كرد و دیواری با چهار درب در جوار آن بنا نهاد. از آن به بعد، در اطراف مرقد خانه‌هایی ساخته شد.
متوكل عباسی، به سبب عنادی كه با اهل‌بیت(علیهم السلام) داشت، آرامگاه امیرالمومنین(علیه السلام) را چون مزار امام حسن(علیه السلام) ویران كرد. چندی بعد، محمد بن زید از پادشاهان شیعی طبرستان، معروف به داعی، در 287 ق عمارتی باشكوه بر مرقد مطهر بنا كرد كه صحن آن هفتاد حجره و طاق داشت.
ابو الهیجاء عبدالها‌بن‌حمدان، حاكم شیعی موصل، در 283 هـ.ق گنبد بزرگ و باعظمتی بر فراز قبر ساخت و حرم را فرش كرد. در زمان المطیع لِلّه عباسی، یكی از نقیبان سادات علوی به نام عمر بن یحیی، به سال 350 ق برای آن حرم گنبد و قبه‌ای كوچك ساخت. سپس داعی صغیر، از علویان طبرستان، عمارت دیگری بر آن استوار كرد.
در عصر پادشاهان شیعی آل بویه، مرقد مطهر امام علی(علیه السلام) چون سایر مرقد و مزارها در عراق، توسط عضدالدوله بازسازی و توسعه یافت و عظیم‌ترین بنا بر آن استوار شد. بنای عضدالدوله تا 755ق باقی بود و در آن سال بر اثر آتش سوزی چوب‌های نفیس و زیبای آن به سرعت شعله‌ور شد و آتش را به دیگر جاها منتقل كرد. گفته اند دو قرآن، كه به خط مبارک آن حضرت در داخل حرم نگه‌داری می‌شد، در آتش سوخت. پس از آن حادثه، كار بازسازی حرم را ایلخانان مغول و دست نشانده‌های آن‌ها از جمله سلطان اویس جلایری در 760ق به خوبی به انجام رساندند.
شاه اسماعیل پس از سلطه بر بغداد، به زیارت عتبات و مرقد امام علی(علیه السلام) در نجف رفت و كارهایی برای آبادانی شهر انجام داد. در دوران صفوی، بازسازی و توسعه حرم با شدت بیشتری دنبال شد. شاه عباس صفوی ضمن زیارت آن مرقد در 1033 ق، دستورهایی برای تعمیر حرم، گنبد و صحن صادر كرد. رواق‌ها را با فرش‌های گران بها پوشاند.
شاه صفی، نوه شاه عباس صفوی، وزیر خود میرزا تقی مازندرانی را امر كرد تا قسمتی از اطراف صحن و حرم را توسعه دهد. این كار در 1047 ق انجام شد.
نادرشاه افشار در 1156 ق دستور داد كاشی‌های گنبد و گل دسته‌ها را بردارند و به جای آن از خشت‌های طلایی استفاده كنند. كه تاریخ طلا كاری آن برروی گنبد ثبت شد. در دوره قاجار نیز اقدام هایی برای توسعه و بازسازی حرم انجام شد.
در سال‌های اخیر هزینه فراوانی برای بازسازی، نوسازی، آینه‌كاری و طلا كاری حرم مطهر امام اول شیعیان از سوی نیكوكاران شیعه صرف شده است.