در زمان روي کار آمدن دولتهايي چون دولت اصلاحات که بزرگان حوزه همواره در صف مقدم مقابله با برخي اقدامات و طرحهاي دولت و مجلس بودند، ديگر نميتوان چنين رشادت و آزادگي را از سوي حوزهها انتظار داشت. شهيد مطهري:ايشان (امام خميني) معتقدند که روحانيت بايد مستقل بماند همچنانکه در گذشته بوده. حالا هم که باز حکومت، حکومت اسلامي ميشود، با اينکه حکومت اسلامي است، ايشان معتقدند که روحانيت بايد مستقل و به صورت مردمي مانند هميشه باقي بماند و روحانيت آميخته با دولت نشود.