به گزارش «شیعه نیوز»، با آغاز شورش‌های مسلحانه در جامو و کشمیر و مقابله دولت هند با این شورش‌ها غیرنظامیان و افراد غیر مسلح قربانی اصلی خشونت‌های دولت هند شدند. در سال های ابتدایی دهه نود سرکوب غیرنظامیان به طور گسترده انجام می‌شد. تنها در سال 1990 حداقل 12 عملیات علیه غیرنظامیان کشمیری در بخش‌های مختلف کشمیر انجام شد که در طی آن 421 نفر کشته شدند که در این میان بخش قابل توجهی کودکان بودند.
کودکان نه تنها قربانیان مستقیم این خشونت‌ها بوده‌اند بلکه در معرض سایر خشونت‌ها مانند مفقود شدن، بازداشت های غیرقانونی، ضرب و شتم، تجاوزات جنسی و سایر موارد قرار گرفته‌اند. ضمن اینکه که افزایش خشونت در این دهه سبب شد بسیاری از کودکان والدین خود را از دست بدهند. طبق بررسی که یکی از موسسات خیریه انگلیس انجام داده است 215 هزار کودک یتیم در کشمیر وجود دارد که 37 درصد آنها یک یا هر دو والد خود را از دست داده‌اند.
از دیگر موارد نظامی سازی در این دهه می‌توان به تبدیل شدن محیط‌های آموزشی به کمپ‌ها و اردوگاه‌های نظامی اشاره کرد. از اوایل دهه ی نود میلادی بسیاری از مدارس و موسسات آموزشی تبدیل به کمپ های نظامی و ایستگاه های پلیس شد که اشغال مدارس ترس و عدم امنیت را برای دانش آموزان و دانشجویان به همراه داشت.
در همین دهه بود که با تصویب قانون AFAPA عملیات های خوشنت آمیز شدت بیشتری گرفت. قانونی که سبب شد نیروهای نظامی هند در قبال هر نوع مجازت قضایی در کشمیر مصونیت داشته باشند.
در زیر به بعضی از وقایع منجر به کشتار کودکان در طی این دهه اشاره می شود:
الف-کمیته JKCCS در یک بررسی که در دو ناحیه بارامولا و باندی پورا در شمال کشمیر انجام داد. گزارشی قدیمی اما فراموش نشدنی را مورد بررسی قرار داده است. گزارشی که در سال 2006 منتشر شد. در این گزارش چنین آمده است: «در فاصله زمانی سال های 1989 تا 2005، 5106 غیرنظامی کشته و ناپدید شدند که در این میان 392 کودک کشته شد. و از این تعداد 43 نفر دختر بودند.“
ب- 36 کودک ناپدید شدند که از این میان بنا به گفته بعضی‌ها 10 کودک مبارز بودند و این کودکان توسط نیروهای هند ربوده شدند. کودکی 9 ساله به نام «جاوید احمد» از ناحیه بارامولا در میان این کودکان بود که در نوامبر 1991 ناپدید شد و تاکنون هیچ نشانه‌ای از او یافت نشده است.
ج-در 3-4 آگوست 1998، 11 کودک در گروه های سنی 4 تا 15 سال در میان 19 کشته شده ای بودند که در روستای سیلان در خانه هایشان توسط افسران پلیس کشته شدند. عاملین این جنایت شناسایی شدند اما به دلیل قانون AFSPA از مجازات معاف شدند.
د-در مارس 2003، 24 هندی کشمیری (پاندیت ها) توسط افراد مسلح ناشناس کشته شدند که دو نفر از آنان نوزاد بود. اما روند قضایی این پرونده نیز مانند سایر پرونده‌های نتیجه ای نداشت.
ه-در ژانویه 1999، 15 غیرنظامی کشته شد که 6 کودک از جمله کشته شدگان بود. عاملین این جنایت نیروهای پلیس و ارتش هند اعلام شد.