مرحوم ميرزا (ره) شنيده بود که شيخ هدايت غروي (ره) از اشخاصي است که استخاره او مجرّب است و در ميان مردم شهر تبريز مشهور بود که مضمون استخاره را شرح مي دهد، به نزد مرحوم شيخ هدايت(ره) رفته و استخاره طلب مي کند، شيخ هدايت(ره) به محض آنکه استخاره را مي گيرد چهره اش برافروخته مي شود، مرحوم ميرزا (ره) مي گويد: يك لحظه با نگاه به چهره شيخ، ترسيدم، ناگهان رو به من كرد و گفت: چکار مي خواهي بکني پسر، مي خواهي نبي (پيامبر) بشوي و پا درجاي انبياء بگذاري، من جايگاه تو را در نزد ائمه(عليهم السلام) مي بينم !!
(اين قضيه استخاره را مرحوم ميرزا(ره) تا آخر عمر به اعضاء خانواده خود نقل نکردند و به مناسبتي اين قضيـه را به برادر خود حاج کريم رهبر سعادتي نقل کرده وقول گرفته بودند كه در زمان حياتشان فاش نشود).
بعد از آنکه استخاره را گرفتند، تصميم مي گيرند با جدّيت به درس حوزه ادامه دهند و از طرفي پدر و مادر خود را راضي کنند، که بعدها اين رضايت حاصل شد، و پدر و مادر به داشتن چنين فرزندي افتخار مي کرده و هميشه دعا گوي او بودند. ايشان در مدرسه طالبيه تبريز سكونت گزيد و با مرحوم علامه شيخ محمد تقي جعفري(ره) هم حجره مي گردد و با جدّيت شروع به درس خواندن مي نمايد تعهد به حضور در درس از آغاز مرحوم ميرزا(ره) را در طالبيه تبريز شاخص كرده بود، و كم كم استعداد علمي او بروز مي كند و توانست دروس سطح را در تبريز به پايان برساند، فاضل محترم آقاي حاج مير علي اكبر فردوس (از تجار خيّر و متديّن تبريز كه از زماني كه فقيه مقدس، مرحوم ميرزا(ره) در طالبيه تبريز مشغول به تحصيل بودند باهم آشنايى داشتند و در طول مرجعيت مرحوم ميرزا (ره) ايشان وكيل و امين مرحوم ميرزا (ره) در تبريز بودند،) در جمعى مى فرمودند: وقتى مرحوم ميرزا (ره) در طالبيه تبريز حركت مى كرد، به وضوح مشاهده مى شد كه طلاب متوجه او مى شوند و با اشاره به يكديگر مى گويند: اين شخص بسيار فاضل است و در تحصيل بسيار موفق است. طلاب از وجود ايشان در هر فرصتى استفاده مى كردند و مقام علمى ايشان از همان جوانى كه در طالبيه قدم مى زدند، به وضوح مشخص بود و اوقات خود را صرف درس و بحث مى كرد وعاشق كسب علم بود و طلاب سعي مي کردند هنگاميکه ميرزا(ره) در طالبيه در حال تردد بود از او استفاده کنند و در هر فرصت ممکن از علم سرشار او بهره ببرند.
طلاب در طالبيه تبريز روزها حلقه بحثي داشتند که افراد فاضل و معروف مدرسه مي نشستند و طلاب گرد آنان حلقه زده و شروع به سؤال و جواب مي کردند، مرحوم ميرزا(ره) هم حلقه حثي داشت که از ساير حلقه هاي بحث شلوغتر بود و افراد دور بر ايشان را گرفته و شروع به بحث مي کردند. تسلط و احاطه علمي مرحوم ميرزا (ره) به قدري بود که طلاب به دور آن حلقه علمي با شوق و ذوق گرد مي آمدند.
مرحوم ميرزا (ره) برغم مشکلات مادي با جديت درس مي خواند ايشان نقل کردند: چيزي در حجره براي خوردن نداشتيم من و علامه جعفري(ره) مانده بوديم چه کنيم، بعد از ظهر جمعه تاجري به مدرسه آمد و به ما مبلغي داد جهت نماز وحشت، توانستيم با آن پول چند روزي را بگذرانيم، خداوند متعال به ما عنايت مي کرد و هرگاه با مشکلي برخورد مي کرديم تفضلي مي فرمود و ايام را پشت سر مي گذاشتيم و در هر حال شكر گزار بوده و با گرسنگي و ناداري آشنا شده بوديم، احساس وظيفه و اداي آن موجب مي شد توكلمان بيشتر باشد و به آنچه كه خدا مقدر كرده بود مي ساختيم.
حجت الاسلام والمسلمين ابراهيم رضائيان مى گويد: فقيه راحل مرحوم ميرزا(ره) در طالبيه تبريز به فضل و علم معروف بود و افراد فراوان به ايشان علاقه داشتند و از ايشان استفاده مى كردند. و بعضى اوقات حلقه بحث در حياط مدرسه طالبيه تبريز ايجاد مى شد و طلاّب با هم بحث مى كردند. يكى از حلقه هاى بحث، مربوط به فقيه راحل مرحوم ميرزا جواد تبريزى(ره) بود كه ايشان با مرحوم علامه شيخ محمد تقى جعفرى(ره) بحث مى كرد و اين بحث چنان پربار بود كه حدود پنجاه الى شصت طلبه دور مرحوم ميرزا (ره) حلقه مى زدند، و از وجود ايشان استفاده مى كردند. واقعاً مرحوم ميزرا (ره) زحمت كشيده بود و در دوران جوانى از هر نظر مى درخشيد، و تمام اوقات خود را به مطالعه و درس مشغول بود، و از بركات آن زحمات خالصانه است كه امروز حوزه علميه قم داراى فضلايى است كه افتخار حوزه مى باشند، وسكان دار سطوح عالي حوزه هستند، و آثار علمي ايشان كه به قلم مبارك ايشان نگاشته شده است، افتخارى ديگر براي حوزه مى باشد، از اين رو طلاب جوان بايد از زندگى اين فقيه راحل(ره) درس بگيرند، و جهت رسيدن به درجات بالا و كسب مقامات عاليه، ايشان را الگو قرار دهند.
تمام مراحل زندگي مرحوم ميرزا (ره) درس است، و اين مراحل چهار گانه که شامل تحصيل در تبريز، و تحصيل در قم، و دوران سکونت در حوزه نجف، و سپس بازگشت به قم مقدسه مي باشد، هر لحظه اش راهكاري است به سوي رسيدن به مرتبه كمال و معرفت.
پس از چند سال تحصيل کم کم مرحوم ميرزا (ره) احساس مي کند که بايد حوزه تبريز را ترک كرده و به حوزه علميه قم منتقل شود تا مراتب علمي خود را آنجا کامل نمايد. در سال 1364 هـ.ق در حالي كه مرحوم ميرزا (ره) 19 سال بيشتر نداشت. به قم منتقل مي شوند و در درس آيت الله سيد محمد حجت کوه کمري(ره) چهار سال اصول و فقه حاضر مي شوند، و درس آيت الله رضي زنوزي تبريزي(ره) چهار سال، اصول و فقه حاضر مي شوند و چهار سال، درس فقه در نزد مرحوم آيت الله خراساني(ره) تلمذ مي کند و در طول سكونت در قم كه نه سال طول كشيد در دروس فقه استاد الفقهاء و المجتهدين آيت الله بروجردي(ره) اصول و فقه حاضر مي شود که عمده استفاده ايشان از سيد بروجردي(ره) بوده است که مورد توجه ايشان قرار مي گيرند، و به خاطر تسلط و استعداد علمي ايشان را جزء ممتحنين حوزه قرار مي دهد. کرسي درس مرحوم ميرزا (ره) در قم از رونق خاصي برخوردار بود. درس ايشان زبانزد طلاب بود و مسجد نو ـ روبروي شيخان ـ مملو از طلاب مي شد، و به قول آيت الله شيخ يحيي انصاري شيرازي(حفظه الله)، درس مرحوم ميرزا (ره) به قدري شيرين و با محتوا بود که هنوز حلاوت آن درس را احساس مي کنم و آن گونه درس را بعدها نيافتيم.
حجت الاسلام والمسلمين سيد ابراهيم رضائيان مي گويد: من هم از ايران به نجف رفتم و مدتى در حوزه نجف بودم. بعد يك سفر به ايران داشتم كه به محضر مبارك شيخ آيت الله ميرزا هاشم (ره) رسيدم و ايشان تا مرا ديد، با شوق و ذوق خاصى از من سؤال كرد: از ميرزا جواد (ره) چه خبر، ايشان چه كار مى كند؟ واقعاً ميرزا جولان فكر داشت. مرحوم ميرزا هاشم (ره) از هيچ كس سؤال نكرد، فقط جوياى حال ميرزا(ره) شد، و اين خود نشان مى داد كه مرحوم ميرزا(ره) كسي نبود كه فراموش شود.
مرحوم ميرزا(ره) مي فرمودند: ما در حوزه قم بوديم و آوازه حوزه نجف را مي شنيديم. خيلي در حسرت نجف مي سوختم، ولکن راهي براي هجرت به آن ديار نمي يافتم، هميشه در اين فکر بودم که آيا مي شود روزي ما هم موفق شويم حوزه نجف را درک کنيم و در جواز مرقد مطهر اميرالمؤمنين و أبا عبدالله الحسين(عليهما السلام) ادامه تحصيل دهم، و اين آرزو موجب شده بود که توسل فراوان داشته باشم تا آنکه خداوند متعال حاجت من را برآورده کرد، و در يک جلسه علمي که داشتيم خدا عنايت کرد و اسباب مهيا شد و موفق به هجرت به نجف شدم.
خصوصيات آن جلسه به نقل از مرحوم ميرزا(ره) اينگونه است، كه ايشان فرمودند: بعضي تجار تبريزي، از تهران يا تبريز به قم مي آمدند، و طلاب آذربايجاني را به ميهماني دعوت مي كردند، يك روز حاج يعقوب اپكچي(ره) از تجّار متدّين تبريز ساكن در تهران به قم آمده بود و طلاب را دعوت كرد، من هم در آن جمع بودم، در آن جمع عده زيادي از علماء که بعضي از آنان از مراجع بودند، حضور داشتند، آن زمان من هم يک طلبه جوان بودم، در آن جلسه مسأله علمي مطرح شد که در اطراف اين موضوع طلاب بحث کردند، که من وارد بحث شده و گفتم جواب مسئله اين نيست که مي گوييد، بلکه جواب اين است. نخسـت بعضي طلاب از اينکه من وارد بحث شدمخوششان نيامد، لکن کم کم بعضي از فضلاء جلسه حرف مرا تأييد کردند، و اين موجب شد که ميزبان توجه خاصي به من کند. خود را به من رساند و گفت اگر آقايان رفتند
شما بمان با تو کار دارم. بعد از رفتن کليه افراد حاج يعقوب(ره) به نزد من آمد و گفت: ما شاء الله مسلط هستي. دوست دارم اگر حاجتي داري برايت برآورده کنم. مرحوم ميرزا (ره) گفتند: ما که دنبال حوائج دنيا نمي گشتيم و فقط به درس و بحث مشغول بوديم، به او گفتم سالها است آرزو دارم حوزه نجف را ببينم و در آنجا تحصيل کنم، لکن امکانات و خرجي راه و استقرار در نجف را ندارم، مرحوم ميرزا (ره) مي گويد: اين تاجر به من قول داد کارهايم را انجام دهد، و در مدت سه روز ضمـن تهيه گذرنامه تمام ما يحتاج راه را تهيه کرد. من به عنايت اهل بيت (عليهم السلام) به نجف اشرف سفر كردم تا نجف بودم اين تاجر متدين گاهي به من عنايت داشت، و حتي بعد از بازگشت از نجف مجبتهاي فراواني كرد، و هر چند وقت يك بار به ديدنم مي آمد، خدا رحمتش کند خيلي خدمت کرد الان در قبرستان ابو حسين قم مدفون مي باشد. خداوند به واسطه اين تأجر خير انديش امور ما را مرتب و تأمين نمود.
اين مرد نيكو كار بارها و بارها علي رغم مكنت و ثروت فراواني که داشت مي گفت بهترين لذت من آن است که شب جمعه زير قبه امام حسين(عليه السلام) حاضر شوم. شبهاي جمعه سعي مي کرد خود را به کربلا رسانده و زير قبه امام حسين(عليه السلام) عاشقانه اشک مي ريخت. روحش شاد باد. و بعد از مهيا شدن امكانات، مرحوم ميرزا(ره) به طرف مرز خسروي حركت مي كند و در آن مناطق به دليل جاري شدن سيل دو روز مكث مي كند و بعد از وارد شدن به عراق ابتداء به زيارت كاظمين(عليهما السلام) و سپس به زيارت كربلاء معلي و بعداز آنکه مرحوم ميرزا(ره) به نجف اشرف مي رسد بعد از زيارت مرقد مطهر امير المؤمنين علي بن ابيطالب(عليه السلام) در مدرسه خليلي مهمان دوست ديرين خود مرحوم شهيد آيت الله ميرزا علي غروي(ره) مي گردد، و بعد از چند روز يک حجره اي در مدرسه قوام السلطنه شيرازي كه در پشت مسجد طوسي قرار داشت به دست مي آورد، و مشغول تدريس مكاسب و كفايه در مسجد خضراء و مسجد عمران شدند و روز به روز بر وسعت حوزه درسشان افزوده مي گردد، تاريخ دقيق هجرت مرحوم ميرزا (ره) به نجف اشرف سال 1371 هـ . ق است. حجت الاسلام و المسلمين سيد علي مرعشي در خصوص فضل مرحوم ميرزا(ره) مي گفتند: مرحوم ميرزا(ره) از نجف به كربلاء با ماشين چوبي كه آن زمان بود مي رفتند و در ماشين جدّ ما آيت الله سيد محمد مرعشي(ره) حضور داشت عده اي از طلاب هم بودند در بين راه بعضي عوام مسائلي را از طلاب مي پرسند كه سؤال و جواب رد و بدل مي شود كه مرحوم ميرزا(ره) با اشكال به جواب بعضي مسائل، جواب صحيح را مي دهد، سید علي مرعشي مي گويد، مرحوم ميرزا(ره) مورد توجه جدّ ما قرار مي گيرد و آدرس حجره او را گرفته و بعداز چند روز به حجره مرحوم ميرزا(ره) رفته و مبلغي را هديه مي كند من هم از كربلاء آمده بودم تعدادي عباء آورده بودم كه يكي را همان آنجا به ميرزا(ره) تقديم كرديم، جدّ ما از تسلط مرحوم ميرزا(ره) بسيار مسرور شده بود و لذا ميرزا(ره) را مورد عنايت خود قرار داد.
يكى از ويژگيهايي مرحوم ميرزا(ره) در نجف اشرف، كه تمام فضلاى نجف آن را به كرات مشاهده كردند وبه آن شهادت مى دهند، توسل و ولاء مرحوم ميرزا(ره) بود، كه علاوه بر جدّيت در درس، و غرق در مسائل علمي، همواره توسل به درگاه اهل بيت(عليهم السلام) را از ياد نمي برد و در انجام اين كار زبانزد بود، فاضل محترم حجت الاسلام والمسلمين محمد علي مظاهري مي گويد: توفيق يافتم با تعدادي از دوستان در سال 1384ش به زيارت عتبات مقدسه نجف اشرف سفر نمايم و سعادت ياري كرد خدمت آيت الله سيستاني(دام ظله) رسيدم در آنجا ضمن رساندن سلام مخصوص مرحوم ميرزا(ره) به ايشان، در خصوص شخصيت مرحوم ميرزا(ره) صحبت شد، آيت الله سيستاني(حفظه الله) فرمودند: ميرزاي تبريزي از وقتي كه نجف اشرف بود ولاي عجيبي داشتند و محب سر سخت اهل بيت (عليهم السلام) بودند.
مرحوم ميرزا (ره) هر روز به حرم مطهر مشرف مى شدند و در كنار ضريح امير المؤمنين علي بن ابيطالب (عليه السلام) و با اخلاص و تواضع مى ايستادند و با اشكى كه در چشم ايشان حلقه مى زد، امام(عليه السلام) را زيارت مى كردند، و بارها و بارها مشاهده شد كه قبل يا بعد از درس، جهت موفقيت و مددجويى به كنار ضريح مبارك امام(عليه السلام) مى رفتند و با شوق و ذوق فراوان زمزمه مى كرد، و در هنگام زيارت، واقعاً از خود بى خود مى شدند، و شايد همان پيوند قوي بود که موجب شد بعد از رحلت ايشان به نقل از حجت الاسلام و المسلمين سيد منير خباز مي گويد: يكي از سادات با معرفت مرا ديد و اين قضيه را نقل كرد كه مرحوم ميرزا (ره) را در خواب ديدم و گفت آقا خوشا به حالتان چه تشييع جنازه باشکوهي شد، چه مراسم با معنويتي برايتان برگزار گرديد. آن سيد مي گويد: در عالم خواب به مرحوم ميرزا(ره) گفتم شما اين عظمت را مشاهده کرديد؟ مرحوم ميرزا(ره) فرمودند: از زماني که روح از بدنم جدا شد در محضر مولي اميرالمؤمنين علي بن ابي طالب(عليه السلام) در حال گفتگو و درد دل بودم و متوجه مراسم نشدم و الآن از آن ملاقات فارغ شدم. ايشان بارها و بارها به طلاب ـ به خصوص طلاب جوان ـ مى فرمودند كه از توسل به ائمه(عليهم السلام) غافل نباشيد. كه اگر آن ها بخواهند همه كارها درست خواهد شد، و شما نگران عدم توفيق نباشيد، توسل كنيد، آنان شما را كمك خواهند كرد، موفقيت مرحوم ميرزا(ره)در گرو آن توسلات و شب زنده داريها بود كه در دوران جوانى، آن هم در سن كم، نيمه شب وضو مى ساخت و با تمام تواضع و فروتنى راز و نياز مى كرد. معروف است كه خواب شب لذت بخش است ليكن مرحوم ميرزا(ره) با ترك خواب نيمه شب عاشقانه در مقابل پروردگار زانو مى زد و نيمه شب راز و نياز مي کرد.
به اعتراف همگان مرحوم ميرزا(ره) داراي روحيات و ويژگهاي خاصي بود كه هر طالبي را به خـود جلب مي كند و محبتشرا در دل او مي افكند. علاقه واشتياق به تحقيق وتدريس جديت و تلاش بي وقفه در راه تحصيل و آموختن، يكي از ويژگيها و امتيازات ايشان است كه همگان را به تعجب وا مي دارد. اين خصيصه از بدو تحصيل در ايشان مشهود بوده است. خانواده مرحوم ميرزا نقل مي كنند كه بارها در دوران تحصيل و تدريس ايشان، چه در نجف و چه هنگام مراجعت به قم شبانگاه به مطالعه پرداخته و قبل از اذان صبح كتاب و قلم را كنار گذاشته و به شب زنده داري مي پرداختند.
هم معاصرين معظم له مي گويند: همواره مرحوم ميرزا(ره) در حال مطالعه بودند و هيچگاه در جلسات و مهمانيها شركت نمي كردند، بلكه وقتشان چه در دوره قم يا در نجف اشرف منحصراً صرف امور علمي مي گشت، خود ايشان گاهي مي فرمودند: من چهل سال است كه معناي تعطيلي را نفهميده ام.
اين مرجع عاليقدر با وجود كهولت سن نيز حاضرنبودند لحظه اي را هدر دهند و تمام ساعات عمرشان را وقف تلاش علمي مي كردند، همانگونه كه در نجف اشرف ازرفتن به هر گونه مجلس و برنامه اي خودداري مي كردند و حتي بعد از درس روز چهارشنبه، گاهي تا شنبه ازمنزل خارج نمي شوند و مشغول نوشتن و تحقيق بودند.
نظم، تواضع و فروتني شديد، بي توجهي به ظواهردنيوي، خضوع و خشوع در عبادت از ديگر خصوصيات اخلاقي برجسته مرحوم ميرزا(ره) بود.
مرحوم ميرزا(ره) هنگام ورود به نجف در درسهاي گوناگوني حضور يافت، ليكن در نهايت پايبند درس مرحوم آيت الله العظمي خوئي(ره) گرديد، و بتدريج از چهره هاي شاخص درس اين استاد بزرگوار و عظيم الشأن گرديده و مورد توجه ويژه ايشان قرار گرفت، معروف است که در آغاز حاضر شدن مرحوم ميرزا(ره) در درس آيت الله خوئي(ره)، سيد(ره) از مرحوم آيت الله محمد علي توحيدي(ره) سؤال مي کند که اين شخص کيست. شيخ توحيدي(ره) مي گويد: اين جواد است. اهل تبريز، سيد خوئي(ره) مي گويد: اين شخص آينده بسيار درخشاني دارد و کم کم موجب مي شود که سيد خوئي(ره) ايشان را به شوراي استفتاء خود دعوت کند، و در آن زمان در شوراي استفتاء آيت الله خوئي(ره) آيات العظام، شيخ وحيد خراساني و سيد علي سيستاني و سيد محمد باقر صدر و شيخ مجتبي لنکراني و شيخ صدر بادکوبي و شيخ علي اصغر احمدي شاهرودي شركت مي كردند، مرحوم ميرزا(ره) نه سال درس آيت الله خوئي(ره) شرکت کرده و بيش از بيست سال در شوراي استفتاء ايشان حاضر مي شدند. مرحوم ميرزا(ره) را مي تواني يكي از شاگردان برجسته و مبرز مرحوم آيت الله خوئي(ره) دانست كه هميشه مورد عنايت و توجه خاص استاد بود، و دراغلب جلسات علمي خصوصي استادشان نيز شركت مي نمود، و دربحثها و درسها با طرح اشكالات و مطرح كردن بحثهاي علمي بر هر چه پربار شدن محفل علمي مي افزودند. مرحوم ميرزا(ره) طرف مشورت آيت الله خوئي(ره) بود، و در مسافرتها مرحوم ميرزا (ره) را همراه مي بردند. حجت الاسلام والمسلمين ناصري مي گويد: فضلاء مشهد از آيت الله خوئي(ره) سوالاتي داشتند كه من هنگامي كه از ايران به عراق باز مي گشتم موظف شدم جوابها را تهيه و به آنها ابلاغ كنم روي اين اساس خدمت آيت الله خوئي(ره) رسيدم و مسائل را مطرح كردم ايشان(ره) به من گفت آقاي ناصري اين سوالها را از ميرزا جواد بپرس و هر چه بگوید مورد قبول من است و هر چه بي جواب ماند پيش من بياور، شيخ ناصري مي گويد خدمت مرحوم ميرزا(ره) رسيدم و تمام مسائل را مطرح كردم ايشان بدون هيچ مكثي تمام جوابها را دادند و دیگر نياز به رفتن بيش سيد(ره) نشد واقعا مرحوم ميرزا(ره) مسلط بود و هر سوالي را مطرح مي كردم فورا جواب آن را مي دادند.
استاد علاوه بر تدريس و تحقيق در حوزه علميه نجف، از امر تبليغ احكام و مسائل ديني مردم نيز غافل نبود، و در ايام تبليغي و فرصتهاي مناسب به نقاط نيازمند تبليغ، مسافرت مي كرد و به تبليغ احكام الله مي پرداخت، و از آنجا كه گفتارشان با عمل آميخته بوده است، اين تلاشها اثر بسيار مطلوبي را به جاي مي گذاشت كه مي توان گفت ناشي از اخلاق و روش برخورد ايشان با مردم است، تكميل پایگذاري تشيع در منطقه كركوك عراق را مي توان از مهم ترين موفقيتهاي تبليغي ايشان بحساب آورد به طوري كه اكثر مردم آن مناطق بواسطه آشنايي با ايشان به مكتب غني اهل بيت (عليهم السلام) روي آوردند و تاكنون پيرمردان آن منطقه ايشان را ياد دارند و بعضي از آنان با تحمل تمام مشقات سفر براي ديدار ايشان(ره) از عراق به قم مي آمدند.
ساكين منظقه بشير، تسعين و طوز خرماتو عراق همه علوي بودند و آيت الله سيد ابوالحسن اصفهاني(ره)، حجت الاسلام والمسلمين شيخ عبدالحسين بشيري(ره) (پدر خانواده مرحوم ميرزا(ره)) را به آن مناطق ارسال مي كند و عمده تردد او در منطقه بشير بوده، شيخ عبدالحسين(ره) موفق مي شود تحولي در منطقه ايجاد كند ومردم را به تشيع بكشاندكه مرحوم ميرزا(ره) در ادامه تلاش شيخ بشيري (ره) تحولـي عظيم در منطقه ايجـاد مي كند و تمام آن منطقه شيعه مي گردند و تشيع در آن منـاطق مرهون تلاشهاي حجت الاسلام و المسلمين شيخ عبـد الحسين بشيري (ره) و فقيه راحل مرحوم ميرزا (ره) است.
بعد از گذشت مدتي بعضي از شاگردان مرحوم ميرزا (ره) که خود به درس خارج رسيده بودند، از ايشان مي خواهند که به تدريس خارج پرداخته تا بتوانند طلاب از وجود ايشان استفاده کامل نمايند، ايشان درس خارج را در مسجد عمران شروع مي نمايد، تدريسي كه سالها ادامه يافت تا آن كه ماموران رژیم بعث عراق درشب جمعه سال 1354ش با يورش به حوزه نجف اشرف فضلاء و طلاب را دستگير كرده و از جمله مرحوم ميرزا (ره) را در راه بازگشت از كربلاء به نجـف دستگير و در زندان (خان النصف) كه در ميان راه كربلاء و نجف ـ قرار داشت زنداني مي كنند، دستگيري فضلاء و طلاب نيم ساعت به غروب آفتاب شب جمعه شروع و مرحوم ميرزا(ره) شب هنگام دستگير مي شود، رژيم بعث هر طلبه اي را در خيابان و معابر عمومي مشاهده مي كرد او را دستگير و روانه قرارگاههاي ارتش مي نمود.
مرحوم ميرزا (ره) خاطرات فراواني از آن شب خان النصف (منطقه الحيدريه فعلي) داشتند، مي فرمودند: شب سرد بود و ما را دستگير و به پاسگاه پليس در خان النصف برده و آنجا زنداني كردند، ما را در حياط پاسگاه رها نمودند، جوانها به دنبال جاي گرم مي گشتند و هر كس هر امكاناتي داشت در اختيار ديگران قرار مي داد بعضي از آقايان با توجه به اينكه نزديك غروب دستگير شده بودند شام ميل نكرده و گرسنه بودند، بعداز چند لحظه بعضي از طلاب جوان از جمله حجت الاسلام والمسلمين شيخ محمد اشرفي آمد و گفت آقا آن طرف حياط اسطبل اسب وجود دارد و گرم است، با توجه به سرماي موجود چاره اي نبود، مرحوم ميرزا(ره) مي گويد: سردم شده بود و يكي ازآقايان به نام آقاي محقق احساس كرد كه مي لرزم عباي خود را در آورد و در اختيار من قرار داد و گفت آقا به خودتان بپیچيد، مرحوم ميرزا (ره) چند نان (نوعي نان در كربلاء پخت مي شد كه مرغوب بود و بعضي آقايان با خود به نجف مي آوردند) از كربلاء تهيه كرده بودند وقتي مشاهد كردند كه بعضي آقايان گرسنه هستند نانها را به حجت الاسلام و المسلمين سيد محمد علي رباني دادند و فرمودند اين را بين آقايان توزيع كن، بعداز چند لحظه مامورين بعث قدري خرما آورده و در وسط حياط مقر شرطه ريختند، معلوم نبود كه اين خرمها را براي اسبها بود يا براي زندانيان، حجت الاسلام والمسلمين شيخ محمد اشرفي مي گويد: با آنكه آقايان گرسنه بودند كسي جرئت نمي كرد جلو برود و از آن خرمها بردارد، حجت الاسلام والمسلمين سيد محمد علي و سيد ابراهيم شيرازي (رحمة الله عليهما) دو فرزند آيت الله ميرزا عبدالهادي شيرازي(ره) جلو رفتند و قدري ازخرمها را برداشتند و بين حاضرين تقسيم كردند كه به هر كس دو خرما رسيد، بعضي از آقايان در فكر فرار بودند و ماندن در آنجا را تحمل نمي كردند حجت الاسلام والمسلمين حاج شيخ محمد تقي سخائي مي گويد: حجت الاسلام مهديزاده(ره) نزد من آمد و گفت نزديك اين راه پله كسي از مامورين نيست بيا از اينجا برويم بالاي پشت بام و از پشت بام فاصله تا زمين كم است من با وضعيت موجود قبول نكردم، ديدم خودش با شتاب از پله ها بالا رفت و ديگر متوجه نشدم چه شد لكن بعداز نيم ساعت مشاهده كردم شيخ را بعثيها در حالي كه عمامه اش را دور گردنش بسته اند مي كشند و آنقدر اين شيخ را زده بودند كه قدرت حركت نداشت، بعداز او سوال كردم چه شد دوباره تو را گرفتند گفت به خانه يكي از عربها پناه بردم پسرش به مامورين خبر داد، برخورد خشن و غير انساني رژيم بعث آنگونه بود كه موجب اعتراض شهيد آيت الله حاج شيخ احمد انصاري(ره) گرديد آن مرحوم در مقابل استاندار كربلا از رفتار غير انساني آنان به شدت انتقاد نمود لكن آنان با آن قساوت قلبي كه داشتند آنگونه برخورد مي كردند كه به نظرشان مي رسيد، و تنها چيزي كه اين جمع دستگير شده را دل گرمي مي داد، همان محبت و مودتي بود كه بينشان وجود داشت، و بعداز دو روز مرحوم ميرزا (ره) از زندان آزاد مي گردد و به او يك هفته دولت بعث وقت مي دهد كه خاك عراق را ترك كند، روحيه مرحوم ميرزا (ره) بعداز قضيه زندان خان النصف بسيار تغيير كرده بود، و برخورد تحقير آميز رژيم بعث سخت بر ايشان اثر گذاشت بود، لذا تصميم گرفتند به هر نحو ممكن خاك عراق را ترك كند حجت الاسلام والمسلمين سيد علي مرعشي به نقل از پدر بزرگوارشان آيت الله سيد جعفر مرعشي(ره) مي گويد: آيت الله خوئي(ره)، ميرزا (ره) را به نهار دعوت مي كند و مي گوید: ميرزا بمان شايد بتوان كاري كرد، لكن ميرزا (ره) مي گفت نه من تصميم گرفته ام بروم و بر رفتن اصرار داشت، مرحوم ميرزا(ره) مي گفت من استخاره گرفته ام و استخاره بسيار خواب آمده.
از اين رو ميرزا(ره) در فاصله كوتاهي زندگي خود را جمع نموده و به سمت ايران حركت كردند، و هنگامي كه به مرز عراق رسيدند خبر لغو حكم تبعيد ايشان رسيد، ليكن ميرزا (ره) قبول نكردند و به سمت خاك ايران حركت كردند، از آنجا كه مرحوم ميرزا (ره) وزنه علمي در حوزه نجف حساب مي شد و حـوزه نجف به وجود ايشان افتخار مي كرد بعضي آقايان ازرفتن مرحوم ميرزا(ره) گله مند شدند و از بزرگان خواستند كه ميرزا را منصرف کنند حجت الاسلام والمسلمين سید جواد گلپایگاني مي گوید: آيت الله خوئي(ره) شخصي را مامور مي كند كه به دنبال ميرزا(ره) برود و او را قانع كند برگردد در نيمه راه به ايشان مي رسد لكن ميرزا(ره) به بازگشت راضي نمي شود. مرحوم ميرزا(ره) درقم مستقر مي شوند و كم كم خبر حضور مرحوم ميرزا(ره) در قم منتشر مي شود، و طلاب كم كم در اطراف مرحوم ميرزا (ره) جمع شدند، حتي بعضي از شاگردان مرحوم ميرزا (ره) از نجف به قم آمدند، مرحوم ميرزا (ره) در آغاز درس خارج خود را در مسجد كوچكي كه روبروي مسجد فاطميه (گذرخان) بود شروع مي كنند، لكن بعداز يك هفته به خاطر استقبال طلاب به مسجد عشقعلي منتقل مي شود، و بعداز مدتي جاي آن مسجد هم كفاف نمي كند به حسينه ارك منتقل مي شود، و بعداز مدتي حسينه ارك هم پاسخگوي فضلائي كه در درس فقه شركت مي كردند نمي باشد لذا درس فقه به مسجد اعظم منتقل مي شود، تدريس ايشان از هنگام ورود به قم درسال 1355ش تا شوال سال 1427ق مطابق با آذر 1385ش ادامه يافت، مرحوم ميرزا (ره) در سالهاي حضور در قم مقيد به درس بودند و كمتر درس خود را تعطيل مي كردند و حتي ايشان وقتي روزها از درس فقه فارغ مي شدند يك درس فقه ديگر در بيت داشتند كه بعدها به خاطر كثرت استفتاءات به جلسه استفتاء تبديل شد.
حجت الاسلام والمسلمين حسين شوپائي مي گويد: از امتيازات علمي مرحوم ميرزا (ره)، طريقه تدريس ايشان بود. بناى ايشان در درس بر اين بود كه به مطالب اصلى و اساسى بحث اهتمام داده شود; يعنى نكات مهم و كليدى بحث عنوان شده و تعميق لازم در آن صورت بگيرد و نكات فرعى و جانبى به فهم شاگرد و تلاش او سپرده شود. روى اين حساب درس هاى استاد چه در فقه و چه در اصول دو جهت عمق و اختصار را جمع كرده بود. از يك طرف از تفصيل و اطناب خالى بود و از طرف ديگر عميق بود; چون مطالب اصلى و كليدى را به شاگرد تلقين مى كرد و با تسلّطى كه حضرت ايشان در مباحث داشت، مطالب ارائه شده در درس از قوت و استحكام بالايى برخوردار بود. اساساً مرحوم ميرزا(ره) معتقد بودند براى اين كه شاگرد در درس پرورش پيدا كند وقوه استنباط و اجتهاد او شكوفا شود، بايد نقاط حساس و اساسى مطلب در درس طرح شود و ذهن شاگرد به مطالب اصلى معطوف شده و در حلّ آن ها به كار گرفته شود كه اگر مطالب اصلى و مهم و كليدى بحث حل شود، بقيه مطالب خود بخود روشن شده، مرحوم ميرزا(ره) اقوال و اراء مختلف را متعرض مي شد ولى سعى مى كردند به اختصار و اجمال از آن عبور كنند و بسط و تفصيل ندهند و تمام آراء و وجوه و انحاء متعدد آن طرح نشود، به جهت اين كه ذكر وجوه و اقوال متعدد با تفصيل و بسط كامل هر چند شاگرد را با اين اقوال و مستندات آن آشنا مى كند و از نظر كمّى اطلاعات او را بيشتر مى كند، ولى القاء همه اين ها در مقام تدريس باعث مى شود تا ذهن شاگرد با توجه به اين اقوال به كار گرفته شده و خسته شود و از تحليل و موشكافى كامل مطلب در نقاط حساس و اساسى باز بماند، در حالى كه اگر با طرح بخشى از اقوال مهم و وجوه آن نقاط اساسى و كليدى بحث به شاگرد نشان داده شود، و ذهن شاگرد در حل آن به كار گرفته مى شود، اين كار باعث مى شود تا قوه استنباط او پرورش پيدا كرده و شكوفا گردد و بر حل مطلب قدرت پيدا كند. وقتى مطلب را خوب حل كرد و با دست يافتن بر كليد مسأله قدرت نقض و گشودن گره ها را پيدا مي كند و خودش مى تواند بقيه اقوال و وجوه را بررسى كند و از عهده جواب مناسب براى آن برآيد، و اين خصوصيت ويژه اى بود كه در درس مرحوم ميرزا (ره)وجود داشت. از طرفى ديگر ارتباط مسائل فقهى با همديگر و تأثير ادلّه وارده در ابواب مختلف، در كشف حكم شرع در ابواب ديگر اقتضاء مى كند كه فقيه در استنباط حكم هر باب از مدارك و منابع مربوط به ابواب ديگر نيز مطلع باشد، و اين جز با احاطه بر كل فقه و زواياى مختلف ابواب حاصل نمى گردد از اين رو احاطه گسترده تر بر ابواب فقه در توانمندى و استحكام استنباط حكم در هر باب تأثيري بسزا دارد. از امتيازات مرحوم ميرزا(ره) اين بود كه بر كل ابواب فقه احاطه داشت، و در بررسى مسائل و استنباط احكام از ادله و منابع وارده در ابواب ديگر غافل نبود، و در مواقع متعدد به اين ارتباط اشاره مى فرمود، و شاگردان را از آن مطلع مى ساختند. در اصول نيز اين جهت اهميت دارد و ارتباط مسائل با همديگر از نكات قابل توجه مى باشد. رعايت اين جهت و نيز تطبيق مسائل اصول بر فروع فقهى و كاربردى كردن آن از امتيازات و ويژگى هاى درس اصول استاد(ره) بود، و شاگرد در اين درس، جايگاه استفاده از اين قواعد و تطبيق آن بر فروع را در قالب نمونه هاى متعدد، به صورت تمرين ارائه مي داد.
منابع درسى مرحوم ميرزا(ره) در ابواب عبادات نوعاً كتاب هايى مثل: مدارك، حدائق، جواهر، مصباح الفقيه، مستمسك ومستند (تقريرات درس مرحوم سيد خوئى (ره)) را مورد توجه قرار مى دادند، و با توجه به كلمات اين بزرگان، مطالب را مطرح نمود و بررسى و تحقيق مى كرد، البته به «تعليقه» مرحوم بروجردى بر «عروة» نيز توجه خاص داشتند و در موارد متعدد به حواشى ايشان اشاره مى كردند. در غير عبادات نيز بخشى از اين كتاب مذكور ـ در صورت موجود بودن ـ استفاده مى شد و بعضى ديگر را از منابع ديگر جايگزين مى كردند. مثلاً در بحث مكاسب محور كلام، بحث و مطالب مرحوم شيخ انصارى در مكاسب بود و به تناسب، حواشى اعلام بر مكاسب، مورد نقض و ابرام قرار مى گرفت. در اصول غير از كفاية الأصول ]كه محور تدريس بود; يعنى مطالب مطرح شده در اصول به ترتيب كفايه پيش مى رفت، ابتدا نظرات مرحوم آخوند(ره) به خوبى تبيين مى شد، و آنگاه گفتار دیگر بزرگان مطرح شده و مورد نقض و ابرام قرار مى گرفت[ نوعاً مطالب محقق نائينى (ره) و مرحوم آيت الله خوئى(ره) و در بعضى از موارد، نظرات محقق عراقى(ره) و محقق اصفهانى(ره) نيز طرح ونقد مى شد، وهمچنين نظرات اعلام ديگر چنانچه بحث اقتضاء مى كرد، بررسى مى شد.
مرحوم ميرزا (ره) در طرح مسائل در درس شيوه خاصى داشت، كه بر اساس آن بين عمق و اختصار جمع بندى مى شد. به كارگيرى اين شيوه در مقام تدريس و نيز داشتن روحيه تواضع، و ميدان دادن به شاگرد جهت طرح اشكال و رفع ابهام، و برخورد پدرانه و با محبت در تفهيم مطالب به شاگردان، و اهتمام به مورد سؤال و جواب از امتيازات مرحوم ميرزا(ره) بود، استاد(ره) اعتقاد داشتند كه بسيارى از مطالب علمى در سايه همين سؤال و جواب و ردّ و بدل شدن مطالب براى شاگرد روشن مى شود، لذا تعيين وقت خاص جهت اين امر ]كه اين مورد از ابتداى ورود مرحوم استاد(ره) به قم و شروع به تدريس، هر روز بعداز ساعت ده صبح تا ظهر به عنوان برنامه ثابت و مستمر در منزل ايشان انجام مى شد [قرار داده بودند، شيوه مرحوم ميرزا(ره) خصوصيت ممتازى داشت كه درس ايشان را جولانگاه تحقيق و تعميق و پرورش محقق و مجتهد قرار داده بود، و در اين بستر مناسب فضلا و محققين بسيارى پرورش يافته اند كه با استفاده از اين اندوخته ارزشمند و ميراث گرانقدر، خود به تدريس علوم آل محمد(صلى الله عليه وآله وسلم) اشتغال دارند، و طلاب بسيارى را از سرمايه علمى خود بهره مند مى كنند، و بدين سان چراغ پر فروغى كه حضرت استاد(ره) برافروخت همچنان در حوزه هاى علميه شيعه در سراسر كشور مخصوصاً در حوزه علميه قم درخشش و نور افشانى دارد.
ميرزا(ره) غير از چهار سال آخر عمرشان كه در بيماري بسر مي بردند به تدريس منظم دروس اصول و فقه اشتغال داشتند، و در طول حضور مرحوم ميرزا(ره) در قم حتي در ايام جنگ و بمباران مشاهده نشد كه درس ايشان تعطيل شود.
حجت الاسلام والمسلمين شيخ حسن كاتبى مى گويد: در طول بيست سال درسي كه من اطلاع دارم مشاهد نشد كه مرحوم ميرزا (ره) درس خود را تعطيل كند. صبـح و عصرها در درس ميرزا شركـت مى كرديم. يك روز درس بعد از ظهر مرحوم ميرزا(ره) تشريف نياوردند. به طلبه ها گفتم: آخرش يك روز درس تعطيل شد. طلبه ها آماده شده بودند كه از محل درس خارج شوند كه يك دفعه ديدم ميرزا(ره) وارد مسجد شد و طلبه ها به هم گفتند: امروز هم كه انتظار مى رفت درس تعطيل شود، ميرزا(ره) آمد. سؤال شد: استاد چرا تأخير كرديد؟ فرمود: امروز ساعتم اشتباه بود; لذا نتوانستم سر وقت در سر جلسه حاضر شوم. به جز ايام بيمارى مرحوم ميرزا(ره) هيچگاه مشاهده نشد درس ايشان تعطيل شود. با عشق همچون شمع مى سوختند تا طلابى مفيد و فاضل تربيت نمايند، كه بحمدلله در اين كار موفق شدند و امروز شاگردان آن عالم فرزانه سكان دار سطوح عالى حوزه مى باشند.حجت الاسلام والمسلمين شيخ رضا انصاري مي گويد: روزي خادم حسينيه ارك نيامد و دربهاي حسينيه بسته ماند، از اين رو بيشتر طلابي كه در بيرون تجمع نموده بودند بتدريج وبا نا اميد شدن از آمدن خادم و باز شدن درب حسينيه متفرق گرديدند، در اين ميان مرحوم ميرزا(ره) از راه رسيد و پس از آگاه شدن از بسته بودن درب به جاي آن كه اعلان تعطيلي درس را بنمايند، به باقيمانده شاگردان فرمودند امروز درس را در زير زمين مدرسه (منتدي جبل عامل) كه در نزديكي حسينيه ارك قرارداشت مي خوانيم، همگي در خدمت استاد(ره) به منتدي رفته و درس را همچون ديگر روزها بيان فرمودند.همچنين روزي ديگر در دروان جنگ در بين درس استاد در حسينيه ارك، آژيرهاي خطر به صدا در آمد كه نشان از حمله هوايي دشمن كافر بود، در اين هنگام در ميان ترس و وحشت، ناگاه صداي انفجار به گوش رسيد بطوري كه تمام حسينيه را لرزاند و خاك فراواني از سقف بر روي طلاب فرو ريخت، پس از آرام شدن وضع بار ديگر مرحوم استاد(ره) پس از اطمينان از سلامت طلاب درس را طبق روال معمول ادامه دادند. روحش شاد و راهش پر رهروا باد كه واقعا ايشان با فداكاري كه انجام دادندعلاوه بر تحول در سطح علمي حوزه مدافع راستين ولايت بودند و جاي خالي ايشان بوضوح حس مي شود، انا لله و انا اليه راجعون.«رَحْمَة اللّهِ عَلَيْه رَحْمَة واسِعَة وَحَشَرهُ اللّه مَعَ النَّبِّي الْمُصْطَفى وَآلِهِ الطّاهِرِين الاَْطْيَبِين صَلَواتُ اللّهِ عَلَيْهِم اَجْمَعِين وَالْحَمْدُللّه رَبّ الْعالَمِين.»